Ok, jag har skrivit ett liknande inlägg förut men bara för att vara extra säker på att det inte är jag som gör fel...

Vad behöver jag som programerare göra för att min webapplication (vanlig aspx kod) ska fungera när jag laddar upp den hos min intrenetleverantör?

När jag kör den lokalt kör jag den ju oftast från vs.net med F5.
Sen laddar jag upp den med FTP till min(vår) internetleverantör (som har asp.net stöd).

Är det något jag behöver göra som jag missat?

Nope, det är allt.
Men se till att filerna ligger rätt. På din lokala maskin ligger det förmodligen i en mapp i wwwrooten. T.ex. wwwroot/minsajt/

Men hos webbhotellet ska den ligga i rooten.
Se till att binmappen med dll filerna är med och alla .aspx filer.
Sen är det bara att köra.