Jag har en litsta med en rad ord, när jag sorterar på ordet "order by ord asc" så kommer ord som börjar på å och ä överst. Detta måste ju vara någon inställning i databasen som jag har missat, eller vad beror det på?

Ja du har missat att sätta lämplig collation under Setup.
Vi brukar använda Finnish_Swedish_CI_AS.
I SQL 2005 kan du sätta det per databas.