Kör man med kommandot indent med hjälp av execCommand så infogas <blockquote> i html-koden. Men läser man t.ex specifikationerna från funkanu ska den användas vid markering av citat. Även webbeditorer som t.ex. frontpage slänger ju in <blockquote> när man klickar på indragknappen.

Är det fel att använda denna som indrag till annat än bara citat då eller inte?

Ja, <blockquote> skall bara användas för citat. Använd stilmallar istället (margin-left).