Jag har kommit in på en utbildning på distans, men något som jag har märkt av är att de flesta utbildningar inriktar sig på Java, är det lika "bra" att lära sig Java som .NET eller kommer .NET programmerare att hitta jobb lättare än Java utvecklare? Jag har ju ingen erfarenhet av programmering innan så det spelar ingen roll vilket jag ska lära mig, men det viktigtste är att hitta ett jobb när man är färdig utbildad.

Java och C#(.net) är ganska lika varandra.
Om jag vore som du skulle jag nog välja det som erbjuds och försöka göra samma sak i den andra miljön parallellt. Det blir ju lite mer jobb, men samtidigt kan det underlätta, ibland är det lättare att förstå logiken i det ena och knuffar därmed upp dig för en kulle i det andra.
Efter utbildningen är du definitivet "hetare" på arbetsmarknaden.

Då det är ändå inte programmeringsspråket som ska vara ditt största fokus utan hur man löser problem och hur man bygger upp sin kod så spelar det ingen roll. Välj ett av dom och skaffa böcker om det andra samt böcker om C++ och gör allt parallellt i tre språk, det kommer du att ha nytta av i framtiden när du söker jobb.
Java, C# och C++ har allihopa fina gratismiljöer och allihopa finns under både Windows och Linux plattformarna, alla används dessutom på de olika plattformarna, så jobb finns om du är bred språkmässigt och kunnig i problemlösning.